Der Spieler übernimmt in The Force Unleashed 2 die Rolle eines Klons von Starkiller - jedenfalls behauptet das Darth Vader. Als plötzlich die Erinnerung zurück kommt und Starkiller bewusst wird, dass er von Darth Vader betrogen wurde, flüchtet er von dem Planeten. Zuerst macht er sich auf die Suche nach Juno Eclipse, seiner großen Liebe aus dem ersten Teil. Um zu ihr zu finden, befreit er zunächst General Kota. Dieser erklärt ihm, dass es noch niemandem gelungen sei, einen Jedi zu klonen. Starkiller kann sich nicht mehr sicher sein, ob er ein Klon oder doch noch er selbst ist. Er muss es herausfinden und begibt sich dazu auf Dagobah in die Höhle des Bösen - die gleiche, die auch Luke Skywalker im Film aufsucht. Hier erhält er dann Hinweise auf den Verbleib von Juno und macht sich sofort auf die Suche.